權威部門裁定公司會計處理爭議，結論為以年審會計師意見為準。由此，長航鳳凰今日公告2012年度虧損出現大幅擴大，從虧損8.05億元增加到虧損18.8億元。
　　長航鳳凰1993年至2011年近20年凈利潤總和僅有3.06億元，與這一數字相比，2012年18.8億元的虧損金額無疑驚人。2012年年報公告后，長航鳳凰將面臨退市風險警示的特別處理。
　　在18.8億元虧損金額中，有約8億元虧損與公司2011年凈利潤虧損8.83億元相當，而其余10.75億元則為長航鳳凰出售13艘船舶后，不得已吞下的非流動資產處置損失。
　　2012年，為了緩解財務困難，長航鳳凰擬向控股股東所屬企業轉讓13艘船舶和相關負債。8月，天職國際會計師事務所審計認為，截至2012年6月30日，13艘船舶的資產賬面值為33.37億元，負債為33.07億元，凈額2945.28萬元。不過，中通誠資產評估有限公司評估認為，上述13艘船舶資產價值為22.35億元，評估后的負債總額為33.07億元，因而評估后凈額為-10.72億元。
　　當時，長航鳳凰對這筆轉讓采用了賬面值的會計處理方法。公司認為，與關聯方的交易價格以賬面價值成交，是資產公允價值的體現，交易價格合理。按雙方的交易價格，公司原會計處理確認營業外支出2945萬元，即確認資產與負債賬面價值差異。
　　但是，2013年公司年審會計師進場后，認為該交易資產的評估價格應為公允價值，高于評估價格的部分約11億元，需作為資產處置損失。
　　隨后，雙方決定向有關權威部門匯報，并以書面的形式進行了咨詢。4月16日，經有關部門會商后，結論是認為會計師的處理意見更為妥當。
　　對于上述分歧，長航鳳凰從兩個方面進行了解釋。首先，一項資產的估值由于評估方法和評估環境、資產所處環境等因素影響價格變動很大，資產的賬面價值與評估公允價值之間存在的差異很常見，對此，公司和會計師往往有不同的理解。
　　其次，本次交易案例特殊，在國內尚未查找到類似案例，故無先例可循，公司和會計師也有一個逐步深化認識的過程，在相關會計處理上公司與年審會計師各有理由作為支撐，但都說服不了對方，分歧嚴重。
　　值得注意的是，這13艘船舶中有6艘為已完工轉固定資產，滯留在渤海重工，而減值原因主要為新船價格嚴重貶值。評估公司當時認為，委估船舶均是2007年和2008年簽訂的訂單合同，金融危機爆發后，航運市場不景氣，當前新船價格有大幅度下降，故使得評估產生減值。其中，設備類固定資產減值9.67億元，在建工程-設備安裝工程減值1.35億元。