審計署７日發布的長江三峽工程竣工財務決算草案審計結果顯示，三峽工程由于施工難度大、建設周期長、移民搬遷安置任務重，以及建設初期相關法規制度不健全等，工程建設和資金管理中存在五方面問題。
　　根據全國人大財經委員會關于三峽工程竣工驗收相關要求和國務院部署，審計署于２０１１年６月至２０１２年２月對長江三峽工程竣工財務決算草案進行了審計。
　　審計結果表明，三峽工程投資控制有效，靜態投資控制在批復概算內，實際投資完成額控制在測算的動態投資范圍內，工程建設和資金管理總體規范，竣工財務決算草案基本真實合規。
　　但審計也發現，三峽工程建設管理不到位，導致增加投資８．０８億元；移民資金被擠占挪用等涉及金額２．７９億元，主要用于非移民遷建項目、彌補行政管理費等支出；一些中小項目的設計、施工、監理合同管理不夠規范，涉及金額４１．３億元；部分移民管理機構和遷建單位移民資金決算編制和賬務處理不合規，涉及金額１７．２１億元；部分移民派生資金征收不到位、管理使用不規范，涉及金額８．５５億元。截至２０１２年１１月底，審計發現的問題已全部整改。
　　本次審計還發現涉嫌違法違紀和經濟犯罪案件線索３５件，涉及金額１．１３億元，已依法移送有關部門調查處理。截至２０１２年１１月底，已有１１人被追究責任，其余案件線索正在查處中。