目前，我國水污染程度較深、治理難度較大，涉及水污染的突發事件頻發。專家建議，應盡快由權威機構對水污染狀況進調查、建立協調機構改變水污染治理多頭管理的現狀，從制度上扭轉GDP政績觀，并從源頭抓起不斷前移防污治污關口，不斷加大水污染治理投入力度。
　　中國人民大學環境學院院長馬中、山東大學環境科學與工程學院副院長張建等人認為，全面了解我國水質污染狀況的分布、程度及主要污染物，是進一步科學防污治污的基礎，應由權威機構組織相關科研單位和人員進行全國范圍內進行一次調查統計。
　　多位環保行業專家學者認為，環境紅利是我國能保持續多年經濟高增長的原因之一，但目前一些地方的水污染狀況已逼近極限，改變GDP政績觀、妥善處理經濟發展與環保關系迫在眉睫。
　　陜西省政協人口資源環境委員會副主任司全印建議，國家應該根據資源與環境的容量，反推出環境能容納的GDP增幅，由此設定GDP發展的環境上限。同時還應測算出治理污染與經濟發展的關聯圖，分別描述GDP保持不同增速時，我國的環境會出現怎樣的態勢。
　　公眾與環境研究中心主任馬軍說，在短期內從根本上改變GDP導向指揮棒的難度很大，因此還要通過制度上制約地方政府的行為。首先要推進環境信息實時公開，制約地方政府對環境執法和環境訴訟的干擾；其次是強化地方黨政“一把手”的環保職責，要改革考核政績的傳統模式，實現環境保護一票否決制；還應打造要公眾深度參與環保公共事務的平臺，讓公眾對環保公共事務的每一次投訴或舉報件件有著落，第一時間處理，第一時間回復，讓公眾的監督落到實處。
　　《經濟參考報》記者在多地采訪了解到，水資源綜合管理沒有統一的管理體制、水污染治理多部門，成為當前治污防污的難點之一。目前與水質污染與治理相關的有水務、環保、國土、住建、地質等多個部門，這就造成管理權責不清、管理盲區較多的混亂局面。以與水污染密切相關的水源地管理為例，目前城市與農村、地表水與地下水、水量與水質等管理割裂，多龍治水、政出多門的現象普遍存在，造成水源地不管供水、供水不管排水、排水不管治污、治污不管回用的現狀。水資源開發利用管理無序，水資源浪費嚴重。
　　對此，北京大學水資源研究中心教授鄭春苗、安徽省環境監察局局長黃建樹等人建議，水污染防治工作不能頭痛醫頭腳痛醫腳，環保問題是一個社會問題，涉及經濟、社會、文化、政治等多個領域，不是僅僅依靠環保部門解決污染問題。因此不僅要從治理企業排污等微觀層面考慮，更應當全面考量，比如從區域工業布局、產業產能轉移等宏觀層面上考慮。因此應盡快從法律角度對水污染治理明確權責，交由統一部門進行協調管理。
　　多位環保界人士認為，近年來我國水污染的總體趨勢是工業污水控制較嚴格、農業污染危害漸顯、生活污水不斷增加。對此，過去邊污染邊治理的治理模式，在新形勢下必須轉變為將水污染防治關口前移，從源頭控制污染源。
　　貴州省環保廳副廳長姜平、陜西省延安市環保局副局長郝明建等人建議，要繼續強化環境審批，嚴格環境準入，建立起有力的源頭防控體系。其中在關口前移時應分層次分區域進行，首先是對長江、黃河、淮河等流域水污染嚴重、環境問題突出的地區進一步加化流域限批，特別是對重點流域的高污染項目實行“禁入制”。其次要對現有落后產能的淘汰也要實行源頭控污。對高污染的項目、不符合產業政策和減排要求的項目不予批準建設，從源頭上杜絕新的水污染源的產生。
　　全國人大代表王學求認為目前我國對水污染防治資金的投入力度還需繼續加大，應該通過法律規定水污染防治的投入在國民經濟生產總值中的所占比例，并以法律形式把政府用在治污防污的基礎設施、數據調查與監測、公共污染事件應急處理、環保應用技術研究等方面的基本投入固定下來，該是政府投入的要足額確保，并對無法落實投入的部門和個人進行問責。
　　山東省平原縣環保局副局長張朝清、陜西省西安市環保局水污染控制處處長趙金玉等人建議，在農村必須推行以改善農業生態環境、加快農村經濟發展為主要內容的生態農業生產體系。把現代化科學技術和傳統農業精華有機結合起來，逐步增加有機肥料的使用，減少化肥、農藥的使用。同時開發生物農藥技術，推廣以菌治蟲、以蟲治蟲的生物技術替代農藥。并逐步把農村富余勞動力從污染型鄉鎮工業轉移到生態農業建設上來。